细胞功能的核心执行者最终是蛋白质分子。由于存在复杂的转录后调控机制，mRNA与对应蛋白质的表达水平往往存在差异，这意味着仅通过mRNA检测并不能准确反映细胞内实际的蛋白丰度。这种生物学特性凸显了转录组联合蛋白质数据分析的重要性。
CITE-seq技术作为单细胞多组学研究的重要突破，在传统单细胞转录组测序基础上，创新性地整合了细胞表面蛋白的同步检测功能。该技术通过特异性抗体标记系统，能够在单细胞分辨率下实现转录组与表面蛋白质组的联合解析。
单细胞转录组的基础上，增加单细胞膜蛋白检测的优势有哪些？
1. 单细胞转录组+膜蛋白，助力发现更精细亚群
CITE-seq技术能够在同一个细胞中同时检测mRNA和细胞表面膜蛋白的信息，提供了比传统单细胞RNA测序更丰富的数据，能够更清晰地鉴别细胞类型，甚至可以注释到罕见细胞类型和发现新的细胞亚群。
2. 单细胞转录组+膜蛋白，更全面的细胞Marker表达解析
mRNA和蛋白的表达并不总是一致的，如PD1 mRNA表达量通常很低，而Abseq可以高水平的检测到PD1蛋白表达。单细胞多组学通过不同维度的表达分析，更全面、更利于阐明细胞marker表达机制。
t-SEN图展示CD4,δTCR,PD1在mRNA和蛋白水平的表达
CITE-seq一次可以测多少种膜蛋白？
在检测通量方面，CITE-seq技术理论上具备无上限的抗体检测容量，突破了流式细胞术的荧光通道限制和质谱流式的同位素标签瓶颈。然而实际应用中，考虑到抗体交叉反应、检测成本等因素，当前研究多采用蛋白检测组合（Panel）的模式。目前已推出的单细胞CITE-seq的Panel包括：T细胞蛋白panel（30 markers），B细胞蛋白panel（30 markers），以及人免疫蛋白panel（30 markers）。此外，NK细胞蛋白panel、Tumor蛋白panel、APC蛋白panel正在陆续上市中，各panel也可相互组合，旨在助力不同专项领域单细胞研究。
1. T细胞蛋白panel（30 markers）
在免疫学研究中，T细胞作为免疫系统的核心效应细胞，其功能解析对揭示免疫应答机制及疾病诊疗具有关键作用。然而单细胞转录组分析显示，不同T细胞亚群在RNA层面的标志基因表达存在高度重叠，导致传统基于单一转录组数据的T细胞亚群注释相对困难。针对这一瓶颈，基于BD OMICS-One T panel，通过CITE-seq技术整合30种T细胞关键表面蛋白标志物的检测体系，将单细胞RNA测序与膜蛋白检测相结合，不仅能够突破单一组学的分析局限，更通过基因表达与蛋白翻译层面的协同验证，系统揭示T细胞亚群异质性及其在免疫调控中的分子机制，为精准解析T细胞功能动态提供了创新性研究工具。
T panel 30 Markers list：
基于T panel的30个Markers解析T细胞亚群及活化状态：
2. B细胞蛋白panel（30 markers）
在B细胞发育研究中，不同发育阶段的B细胞呈现独特的表面受体和胞内信号分子表达谱。B细胞表面有多种膜表面蛋白，籍以识别抗原、与免疫细胞和免疫分子相互作用，也是分离和鉴别B细胞的重要依据。BD OMICS-One B panel整合30种B细胞特征性膜蛋白标志物，通过CITE-seq技术可创新性地建立单细胞转录组与表面蛋白组的多模态分析策略，同时捕获RNA与细胞表面膜蛋白，不仅实现B细胞亚群的高分辨率分型，更能动态追踪其活化/抑制状态转换中的调控枢纽基因，助力B细胞发育研究。
B panel 30 Markers list：
基于B panel的30个Markers解析B细胞亚群
3. 人免疫蛋白panel（30 markers）
Immune Panel 30 Markers list：
人免疫蛋白panel集合了30种针对人主要特异性免疫标志物的抗体，每个抗体所标记的表面蛋白与相应的免疫细胞亚群高度匹配。单细胞蛋白组学的应用有助于发现精细亚群、功能靶标、特征Marker，也有助于连接单细胞和流式的联用。
单细胞转录组联合膜蛋白数据对细胞聚类分群更有优势：
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